如何建立阿米巴组织是阿米巴经营的开始，也是阿米巴经营的完成。
现在大多数企业都还在使用传统的职能式管理模式，这种金字塔式的组织架构一旦确定，将会在长期保持不变，组织架构稳定且僵化。时代在不断发展，该模式的缺陷也日渐暴露：
高层领导们由于陷入了日常生产经营活动，行政机构越来越庞大，各个部门横向联系薄弱，各部门协调越来越难，各个职能的成员注重部门目标而不是企业的整体目标，使工作效率受到影响。
与传统的金字塔式的组织架构不同，阿米巴的组织架构却是自下往上的蜂巢图，由许多个“阿米巴”构成企业的组织基础，每个阿米巴都是一个独立的小组织。各个阿米巴组织进行独立核算、自主经营。
阿米巴组织架构打破原有的部门界限，绕过原来的中间管理层次，直接面对顾客和向公司总体目标负责，以群体和协作的优势赢得市场主导地位。从而达到使阿米巴组织变得灵活，敏捷，富有柔性、创造性的目的。
看清企业实际状况；内部传递市场压力，实现内部竞争；达成全员参与的经营；培养经营管理人才。关于阿米巴组织划分的作用，可以在稻盛和夫先生的这篇文章中了解。
创业后的京都陶瓷开发出了以往市场上没有的各种精密陶瓷产品，并不断地实现产品化。因此公司的规模也得到了快速的扩大，最初仅有28名员工，在不到5年的时间里，超过了100名，之后又增加到了200名、300名。即便如此，当时从产品的开发到生产、销售，都是我一个人在奔忙。我自己的身体也快支撑不住了，工作也无法顺利开展。人们常说“中小企业与肿瘤一样，大了之后就会破”。如果中小企业规模不断扩大，经营仍然是一笔糊涂账的话，将会无法管理而最终破产。当时我们的公司就已经接近这种状态了。当时的我如果掌握了经营学或组织论的知识，就会知道如何控制越来越庞大的组织，面临的问题也就会迎刃而解。但是我一开始就没有这方面的知识，而且每天夜以继日地工作，也没有时间去学习这些知识。当时的我甚至不知道还有经营咨询这个行当，如果知道的话，说不定会硬着头皮去凑钱，接受咨询。无依无靠的我为如何才能运营一个持续成长的公司而陷入了无尽的烦恼之中。在这种状态下，有一天我脑中突然闪现出一个想法，“既然100名员工的时候我一个人都能够管理，那为何不把公司分成若干个小集体呢？现在或许还没有干部能够管理100名员工，但是有些干部已经有能力管理20到30名员工的小集体，那何不让这些人担任小集体的领导，放权让他们管理呢？”甚至还想到“既然要把公司分成若干个小集体，那何不让这些组织独立核算呢？把公司分成能开展业务活动的最小的组织单位，然后安排各自的领导，让其像街道工厂一样采取独立核算管理”。为了采用独立核算制对各个组织进行管理，损益结算是不可或缺的，但采用专业的结算表，外行人很难看懂。因此，为了让没有会计知识的人也能够看懂，我就对损益表进行反复研究，制作了通俗易懂的“单位时间核算表”，稍后我会对该表作详细说明。用核算表的形式表现经营的原则，也就是实现“销售额最大化和经费最小化”，使两者差额的附加价值最大化。“单位时间核算表”中设立了相当于销售额的项目以及所需的经费支出项目（不包括劳务费），通过统计其差额，可以对核算一目了然。使用这一“单位时间核算表”，可以让小集体的领导更容易管理现场的核算，“为了提高本部门的核算情况，必须削减此类经费支出”，可以向成员发出类似的指令。此外，现场的成员也可以通过这一核算表方便地了解情况，使全体员工共同参与经营。也就是说，在培养领导的同时，在公司内部增加关心经营、有经营者意识的员工数量。当时是劳资对立非常严重、劳动纠纷接连不断的时代，当时的社会风气就是用资本家与工人的对立结构来考虑事物，所以经营者通常不会让员工有机可乘，不会将经营的实际状况告知员工。即使在这样一个时代，京瓷还是采用了经营内容像玻璃般透明的单位时间核算制度，尽可能地向员工公开公司的情况。当我意识到通过公开公司情况，可以提高员工的参与意识，激发员工的积极性时，我决定把阿米巴经营作为京瓷经营管理的基础。自那以后，阿米巴经营从经营管理的角度成为了推动京瓷快速成长的动力。另外在小组织中，能够看清楚每个人的贡献率，让在大组织中非常令人头痛的南郭先生无法再浑水摸鱼。比如说，如果100个人的组织有1名员工削减了自己20%的费用，从组织整体的角度而言，看不出有什么影响。假使他偷点懒，也不突出，容易被忽视。但如果是5个人的组织，1个员工削减了自己20%的费用，就会给组织带来较大的影响。浪费和节约一目了然。心理学家认为，人的幸福感实际上在小组之中是最强的，比如说，一个人在自己独处的时候，平均每天笑的次数可能有5~6次，而在小组之中可以达到平均16~17次的水平，几乎是个体存在形式三倍的水平。另外，人与人之间的沟通和交流，甚至相互之间默契的程度在小组之中也是最充分、最强烈的。一个人一般与自己周围的5~9个人的交流频率最多、最充分，自己存在的价值也最容易得到身边人的鼓励与认可。然而，如果身处一个更大的群体之中，实际上往往头脑中印象大多是充满陌生、未知甚至是恐惧的。比如说，一个人在小组内部发言无需打草稿，可以畅所欲言；然后在一个大场面环境，即使拿着准备充分的稿件讲话往往会紧张，心理往往呈现防御性状态。在小组织中，每个成员所感觉到的往往是一个日常、熟悉的环境。环境熟悉而又不怯场，既能够激发出每个人的潜能，又容易感受到赞扬、理解与认可，形成正面激发。通过细分组织，能够一目了然的看清经营结果。过程中聚焦目标，实现数据化经营，用单位时间附加值作为统一评价标准，激发组织的活力，让员工自发自动带着喜悦感开展每天的工作，最终创造高收益，实现全员物质与精神的幸福。
